Koska vankeja oli jo keväällä paljon, valkoisen armeijan johto halusi, että sotaan syylliset tuomitaan nopeasti kenttäoikeuksissa. Näin välyttäisiin myös vaikeasti hoidettavilta vankileireiltä. Ylipäällikkö Mannerheim kannatti kenttätuomioita. Pahimmat rikolliset olisi tuomittavat kuolemaan, mutta rivimiehet voitaisiin päästää vapaiksi ilman rangaistusta. Tärkeää oli kuitenkin, ettei ketään teloitettu ilman oikeudenkäyntiä. Kenttäoikeutta käytettiinkin aina siihen asti, kunnes varsinainen valtio- rikosoikeutta koskeva lainsäädäntö tuli eduskunnan käsittelyyn toukokuussa 1918. Asia oli ongelma sikäli, että kenttäoikeusmenettely edellytti sotatilaa, jota Suomessa ei virallisesti ollut. Sotatilaa ei Suomeen haluttu julistaa, ja senaatti päätyi kannattamaan erillisiä valtiorikostuomio- istuimia. Niiden toiminta perustui rikoslain säännöksiin valtiopetoksesta. Kapinan johtajat saivat syytteen maan- tai valtiopetoksesta ja rivimiehet avunannosta valtiopetokseen.
Valtiorikostuomioistuimet koostuivat viidestä jäsenestä, joista yksi oli puheenjohtaja.
Yhteensä tapauksia oli käsiteltävänä 75.575. Kymmenen prosenttia punavangeista vapautettiin heti oikeusistuimen tutkinnassa. Tuomioita langetettiin 67.788, joista suuri osa oli lieviä vapausrangaistuksia. Tuomituista oli naisia 4003.
Tuomioista 39.000 oli ehdollisia vankeusrangaistuksia. Myöhemmin vankeja armahdettiin ja vankeusajat jäivät lyhyiksi lukuunottamatta pääsyyllisiä.
Kaikki sosiaalidemokraattiset kansanedustajat saivat syytteen, yhtä poikkeusta lukuuunottamatta. Heidän rangaistuksensa olivat suhteellisen ankaria.
Kuolemantuomioita langetettiin 554, joista täytäntöön pantiin 125.
Kymmenettuhannet tuomiot vietiin valtiorikosylioikeuteen. Muutoksia tuli vähän. Kuolemantuomioita lievennettiin ja muutettiin elinkautisiksi. 20. kesäkuuta vahvistettiin laki ehdollisesta vankeustuomiosta, joka johti siihen, että suurin osa punavangeista vapautettiin.
Kansalaisluottamuksensa menetti noin 60 000 kansalaista, mikä merkitsi myös äänioikeuden menettämistä määräajaksi.
Kun syytteet ja tuomiot oli saatettu loppuun, päätettiin valtiorikosoikeus lakkauttaa. Valtionhoitaja Mannerheim vahvisti lain 2.4.1919.