Meritullikamarit olivat Suomen valloituksen jälkeen toimineet maaherrojen valvonnassa, mutta niin pian kuin päätullijohtokunta oli työnsä aloittanut, siirtyi tullilaitoksen ylin johto sen hoidettavaksi ja maaherrat vapautettiin tuosta tehtävästä. Maatullikamarit oli sen sijaan lakkautettu, samoin Ruotsin valtakunnan entisellä itärajalla sijainneet rajatullikamarit. Lakkautettujen maa- ja rajatullikamareiden virkamiehille, niin kuin myös meritullikamareiden henkilökunnalle, oli kuitenkin taattu vanhat palkkaedut - lakkautuspalkka, ellei sopivaa virkaa löytyisi.
Ennen sotaa oli "ruotsalaisen Suomen" meri-, raja- ja maatullikamareissa 296 virkailijaa. Heistä puolet (146) oli maatullikamareiden henkilökuntaa ja toinen puoli meritullin (92) ja rajatullin (58) virkakuntaa. Vuoden 1812 lopussa oli "ruotsalaisen Suomen" tullikamareissa 112 virkailijaa, joista 104 oli tullilaitoksen palveluksessa vuonna 1807; heistä 50 oli aiemmin ollut meritullin, 48 maatullin ja 6 rajatullin palveluksessa.Lakkautuspalkkalaisia oli 1810-luvun alussa enemmän kuin virassa olevia tullivirkailijoita.
Päätullijohtokuntaa velvoitettiin ottamaan tullilaitoksen palvelukseen maa- ja rajatullin entistä palveluskuntaa, jotta "ehkäistään kruunulle sen ylläpidosta koituvat tarpeettomat kulut". Tämän pykälän mukaisesti johtokunta toimikin. Kolmannessa istunnossaan se käsitteli kymmenen tullinhoitajan ja kahden pakkahuoneentarkastajan viran täyttöä. Raatimies Mesterton ehdotti virkoihin nimitettäväksi seitsemän maatullin, kaksi rajatullin ja kolme meritullin entistä virkailijaa. Hän viittasi edellä mainittuun ohjesäännön pykälään sekä ratkaisun kohtuullisuuteen ja oikeudenmukaisuuteen. Tästä asiasta tuli ensimmäinen, jossa johtokunnan jäsenten mielipiteet erosivat, ja päädyttiin - kollegiaalisen päätöksenteon periaatteiden mukaisesti - enemmistöpäätökseen. Asessori Krook oli näet eri mieltä sekä kyseisen "säästöpykälän" tulkinnasta että johtokunnan toimivallasta nimitysasiassa. Hän ehdotti virkojen julistamista avoimiksi ja normaalia 56 päivän hakuaikaa. Ylijohtaja Hjärne yhtyi kuitenkin Mestertonin kantaan, ja niin johtokunta päätti esittää hallituskonseljille kyseisten virkojen täyttämistä asianomaisten niitä hakematta. Hallituskonselji siunasi johtokunnan päätöksen, minkä jälkeen asessori Krook pyysi eroa johtokunnan jäsenyydestä.
Tullivirkakunnan enemmistö jäi paikoilleen, virkaansa tai lakkautuspalkalle, mutta oli niitäkin, jotka siirtyivät entiseen emämaahan. Rantasalmen rajatullikamarin hoitajasta Pehr Siljanderin kohdalle merkittiin menosääntöön: "seurannut Ruotsin armeijaa, ei ole palannut". Hän oli ainoa, josta mainittiin näin, mutta muitakin muuttajia oli. Eckerön maatullikamarin virkailijat, jotka olivat kaikki Ruotsissa syntyneitä, eivät jääneet nauttimaan lakkautuspalkkaa. Muiden maatullikamareiden ruotsalaissyntyisistä vakinaisista virkailijoista useimmat jäivät Suomeen.
Suomen entiset meritullikamarit jatkoivat toimintaansa ja muutama uusi perustettiin. Tullihallinnon ohjesääntö määräsi viidennessä pykälässään:
"Jokaisessa meri- ja tapulikaupungissa, kuin myös Flisöbergissä, Eckerössä ja Marsundissa Ahvenanmaalla, tullinkannosta ja valvonnasta huolehtii tullinhoitaja apunaan tarpeellinen määrä alempia palvelusmiehiä, niin kuin erikseen laaditussa menosäännössä määrätään."
Sanat "jokaisessa meri- ja tapulikaupungissa" (sjö- och stapelstad) on luettava "tapulikaupungeissa ja muissa merikaupungeissa", sillä tapulikaupunkijärjestelmää ei ollut - ehdotuksista huolimatta - kumottu. Lähes kaikilla merikaupungeilla oli kuitenkin jo tapulioikeus eli oikeus tuontiin mistä tahansa ja vientiin minne tahansa.
Tapulioikeutta vailla olevillakin kaupungeilla - Raumalla, Uudellakaupungilla, Naantalilla, Tammisaarella ja Porvoolla - oli oikeus kaupankäyntiin Itämeren satamissa.
Vuoden 1812 lopussa oli Suomen suuriruhtinaskunnan päätullijohtokunnan alaisuudessa 22 tullikamaria ja 6 vartioasemaa. Pohjoisin tullikamari oli Torniossa; sitä nimitettiin meri- ja rajatullikamariksi, koska sen valvottavana oli myös läntinen maaraja.
Vuoden lopulla asetettiin Ruotsin vastaiselle rajalle väliaikaisia vartioasemia ja tullihoitaja velvoitettiin tekemään ehdotus pysyvästä sijoittelusta. 1814 helmikuussa hallituskonselji vahvisti vartiostojen asemapaikoiksi Enontekiön, Pellon ja Pirkkiön.
Suuriruhtinaskunnan "päätullikamari" oli Turussa, joka pysyi Suomen todellisena keskuksena niin kauan kuin huhtikuussa 1812 pääkaupungiksi korotettu Helsinki saatiin riittävästi rakennetuksi ja keskushallinto sinne siirretyksi. Vuonna 1805 Turun meritullikamarin hoitajaksi nimitetty Eric Wahlsten jatkoi virassaan; hän ei menestynyt ylijohtajan viran haussa.
Turun tullikamarin alaisuuteen tuli myös heinäkuussa 1812 perustettu Naantalin tullivartiosto eli kaksi kaupungin maatullikamarin entistä tullivartijaa. Naantaliin tulevat ja sieltä lähtevät laivat oli kuitenkin tullattava Turussa.
Suurin muutos Suomen Ruotsin vallan ajalta perimään tullilaitokseen oli Ahvenanmaan tullikamareiden perustaminen. Väliaikaiset toimipisteet oli perustettu vuonna 1810 valtakunnan läntisimpään kolkkaan Eckeröhön sekä Föglön Flisöbergiin ja vuonna 1811 Marsundiin, Eckerön ja Ahvenanmantereen välisen salmen rannalle. Kun tullilaitoksen alkujärjestelyt saatiin päätökseen ja päätullijohtokunta aloitti työnsä, vakinaistettiin tullikamareiden asema ja niiden virat täytettiin.
Viaporissa oli kaksi tullivartijaa ja Porkkalassa yksi; he kaikki olivat Helsingin maatullikamarin lakkautuspalkkalaisia.
Loviisa oli Ruotsin vallan ajan lopulla Suomen itäisin meritullikamari ja samalla rajatullikamari, jonka alaisuudessa olivat rajatullin eteläisimmät toimipisteet Ahvenkoskelta Kelttiin. Rajatullin lakkauttaminen (1808) ja Vanhan Suomen liittäminen suuriruhtinaskuntaan vuoden 1812 alussa vähensivät Loviisan tullikamarin merkitystä, ja se näkyi henkilökunnan pienentymisenä.
Haminan ja Viipurin tullikamarit siirtyivät suuriruhtinaskunnan tullilaitoksen yhteyteen ilmeisesti vanhan henkilökuntansa kera, ainakaan siellä ei vuonna 1812 ollut ketään "ruotsalaisen Suomen" entisiä meri-, raja- tai maatullivirkailijoita.
Ennen sotaa oli Suomen tullikamareilla ollut kaksi alusta - Turussa ja Helsingissä - ja partiovene Loviisassa. Nyt tullialukset erotettiin hallinnollisesti omaksi, päätullijohtokunnan alaiseksi kokonaisuudekseen ja tullialukset numeroitiin. Tullialus n:o 1 valvoi Uudenmaan saaristoa ja tullialus n:o 2 Turun edustaa. Kummassakin aluksessa oli yksi päällysmies ja neljä tullilaivamiestä (jaktbåtsman). Kahden laivan ja kymmenen hengen tullivalvontaresurssit olivat aivan riittämättömät valvomaan Suomen pitkää ja saaristoista rannikkoa, ja jo pari vuotta myöhemmin aluksia saatiin kaksi lisää.
Sakari Heikkinen