Fredrik Cygnaeus syntyi 1.4. 1807 Hämeenlinnassa ja kuoli 7.2. 1881 Helsingissä. Vanhemmat: piispa Zacharias C. ja Margareta Karolina Aejmelaeus.
Cygnaeus kävi koulua Pietarissa, jonne isä oli tullut piispaksi. Hän sai kotona opetusta mm. A. J. Sjögreniltä. Vuonna 1823 hän tuli ylioppilaaksi Turkuun, missä tutustui mm. Runebergiin, Nervanderiin ja Lönnrotiin. Yhteiset kirjalliset harrastukset saivat myöhemmin aikaan Lauantaiseuran, jonka sisäpiiriin Cygnaeus kuului.
Vuonna 1833 Cygnaeus nimitettiin historian, maantieteen ja tilastotieteen opettajaksi Haminan kadettikouluun. Hän harrasti myös runojen kirjoittamista ja julkaisi niitä Jääkynttilät-nimisessä ruotsinkielisesssä julkaisussa.
Vuonna 1837 palasi Helsinkiin ja julkaisi 1839 väitöskirjan Commentatio de Hannibale indolem eius a scriptoribus infamatam vindicatura. Hänet nimitettiin historian dosentiksi.
Kesällä 1843 Cygnaeus lähti Aleksanterin stipendin turvin pitkälle ulkomaanmatkalle. Tarkoituksena arkistojen tutkiminen, mutta hän keskittyi eri maiden kirjallisuuteen ja taiteeseen. Cygnaeus viipyi Italiassa puolitoista vuotta. Viivyttyään vielä toista vuotta Pariisissa hän palasi Suomeen syksyllä 1847.
Cygnaeuksen matkan tuloksista ilmestyi vain yksi osa vuonna 1848 eli Bidrag till nordeuropeiska folkslagens historia hämtade ur sydeuropeiska källor. Vuonna 1851 alkoivat ilmestyä Cygnaeuksen kootut runot nimellä Skaldestycken. Kokoelmaa ilmestyi kaikkiaan viisi osaa ja sen jälkeen uuden sarjan ensimmäinen vuonna 1870.
Cygnaeus oli jo Haminan-aikanaan tullut tunnetuksi puhujana. Tämä maine kasvoi ylioppilaiden Flora-juhlassa 1848.
Vuonna 1854 Cygnaeus nimitettiin uuden oppituolin, estetiikan ja nykyiskansain kirjallisuuden professoriksi. Vuonna 1867 hän erosi professorinvirastaan ja sai silloin valtioneuvoksen arvon.
Cygnaeus otti aktiivisesti osaa Helsingin taide-elämään. Hän oli 1863-78 Suomen Taideyhdistyksen puheenjohtajana sekä kuului Uuden teatterin johtokuntaan ja kirjoitti useissa yhteyksissä voimakkaasti kotimaisen näyttämötaiteen tärkeydestä. Hän oli keskeinen vaikuttaja taide-elämässä ja mm. palkintojen jakamisessa.
Huvilansa ja keräämänsä taideteokset (noin 200) Cygnaeus testamenttasi Suomen kansalle eli niistä tehtiin valtion kokoelma.
Hän kuoli naimattomana.