Zacharias Cygnaeus (nuorempi) syntyi 23.9. 1763 Loviisassa, ja kuoli 14.6. 1830 Pietarissa. Vanhemmat: Porvoon piispa Zacharias Cygnaeus ja Helena Dorotea Willström.
Cygnaeus valmistui papiksi 1784 ja maisteriksi 1786. Hän toimi ensin pappina sotaväessä ja sitten Hämeenlinnan, Vanajan ja Hollolan kirkkoherrana. Hän sai teologian tohtorin arvon 1817 ja valittiin 1819 Porvoon piispaksi. Vuonna1820 keisari nimitti hänet Pietarin ensimmäiseksi (ja viimeiseksi) luterilaiseksi piispaksi ja valtakunnan ylikonsistorin esimieheksi. Tähän virkaan ei milloinkaan valittu muita suomalaisia. Cygnaeus osasi venäjää siksi, että hänen isänsä että isoisänsä olivat toimineet Mäntyharjun puoliksi venäläisen seurakunnan kirkkoherrana.
Cygnaeus harrasti kansansivistystyötä. Hän pyysi keisarilta 1808 Hämeenlinnan seurakunnalle Hätilän virkatalon tuloja kodittomien lasten huoltoa varten ja laati tästä suunnitelman. Siinä esitettiin käsityön opetusta lapsille, ruumiillisen rangaistuksen rajoittamista, erikoisopetusta aistiviallisille sekä lahjakkaiden lasten opintien tukemista. Cygnaeus puhui myös naisten kasvatuksen puolesta.
Puoliso vuodesta 1792 kapteenin leski Mariana Matilda Martins, josta erosi, sekä vuodesta 1800 Margareta Karolina Aejmelaeus (k. 1847).
Poika Fredrik Cygnaeus oli estetiikan professori ja tunnettu runoilija.