Otto Donner syntyi 15.12. 1835 Kokkolassa ja kuoli 17.9. 1909 Helsingissä. Hänen vanhempansa olivat kauppaneuvos Anders Donner ja Olivia Mathilda Dahlström.
Donner julkaisi vuonna 1863 väitöskirjansa "Indernas föreställningar om verldsskapelsen jemfördä med Finnarnes". Samana vuonna ilmestyi hänen runokokoelmansa "Dikter". Donner oli Helsingfors Tidningar -lehden toimittajana vuosina 1864-1866.
Donner julkaisi teokset "Sitâharanam, en episod ur Ramâyana" (1865), "Das Personalpronomen in den altaischen Sprachen I. Die finnischen Sprachen" (1865), "Kalevipoeg jumalaistarulliselta ja historialliselta kannalta katsottuna" (1866) ja "Pindapitriyajna, das Manenopfer bei den Indern" (1870).
Donner nimitettiin vuonna 1870 sanskriitin ja vertailevan kielitieteen dosentiksi. Hän julkaisi teokset "Der Mythus vom Sampo" (1871), "Öfversikt af den finsk-ugriska språkforskningens historia" (1872) ja "Ueber die Wurzelbildung in den finnisch-ugrischen Sprachen" (1873). Donner julkaisi vuonna 1874 tutkimuksensa "Vergleichendes Wörterbuch der finnisch-ugrischen Sprachen I" (II osa 1877, III osa 1888) ja vuonna 1875 "Om Finnarnes forna boningsplatser i Ryssland".
Donner nimitettiin vuonna 1875 sanskriitin ja vertailevan kielitieteen ylimääräiseksi professoriksi. Hän julkaisi teokset "Akkadiskan (sumeriskan) och de altaiska språken" (1876), "Die gegenseitige Verwandtschaft der finnisch-ugrischen Sprachen" (1879), ja "Om Ständernas rätt att deltaga i skollagstiftningen" (1881).
Donner oli pappissäädyn jäsenenä useilla valtiopäivillä vuosina 1877-1905. Hän oli vuonna 1883 perustamassa Suomalaisugrilaista seuraa, jonka puheenjohtajana hän toimi vuodesta 1893 lähtien. Donner julkaisi vuonna 1884 teokset "Ueber der Einfluss des Litauischen auf die finnischen Sprachen" ja "A brief sketch of the Scottish families in Finland and Sweden".
Donner julkaisi yhdessä J. R. Aspelinin kanssa vuonna 1889 teoksen "Inscriptions de l'Iénisséi" ja yhteistoiminnassa A. O. Heikelin, G. v. d. Gabelentzin ja G. Devérian kanssa vuonna 1892 teoksen "Inscriptions de l'Orkhon". Donner julkaisi samana vuonna Jenisei-kirjoitusten sanaston sekä vuonna 1896 Orkhon-kirjoituksiin perustuvan tutkimuksen Pohjois-Aasian turkkilaisesta kirjaimistosta.
Donner nimitettiin senaatin kirkollisasiaintoimituskunnan päälliköksi kolmivuotiskaudeksi 1905-1908.